I det omfang økonomien tillader det, udbyder Menighedsfakultetet ph.d.-stipendier.
Cand.theol. Jeppe Bach Nikolajsen forsvarede den 11. december 2010 på Menighedsfakultetet i Oslo sin ph.d.-afhandling om "Redefining the Identity of the Church: A Constructive Study of the Post-Christendom Theologies of Lesslie Newbigin and John Howard Yoder". Ph.d.-forløbet var financieret af Menighdsfakultetet i Århus.
Et resume af afhandlingen kan læses her
Cand. theol. Morten Hørning Jensen forsvarede den 15. december 2005 på Aarhus Universitet sin ph.d.-afhandling om "Herod Antipas in Galilee: The Literary and Archaeological Sources on the Reign of Herod Antipas and its Socio-Economic Impact on Galilee". Ph.d.-forløbet blev finansieret af Forskningsrådet for Kultur og Kommunikation.
I juni 2005 forsvarede cand. theol. Flemming Hansen på Aarhus Universitet sin ph.d.-afhandling, “Mission, Church, and Tradition in Context”, som var delvist finansieret af Menighedsfakultetet.
